Ambientada en el Japón del siglo XVIII, Los tres secretos del samurái cuenta la historia de Tomiko, quien, siendo apenas una adolescente, marcha de su casa con el propósito de librar a su hermana pequeña de un matrimonio de conveniencia con un hombre aborrecible.

En su camino, la muchacha encuentra a seres mágicos que se ofrecen a ayudarla, aunque a cambio de un alto precio. Para salvar a su hermana, la joven decide ponerse a su merced, renunciar a su identidad y convertirse en Susanô, el samurái del dragón. Como guerrero, Tomiko vivirá innumerables aventuras y conocerá a dos hombres que marcarán su destino: el valiente Shuzai y Hanzaburo, el hijo del zorro.