Una estatua de la Virgen María llora lágrimas de sangre. Una muchacha se ha curado de una terrible enfermedad y el rumor de un posible milagro se propaga por la ciudad de Nueva York. Miles de feligreses peregrinan a la iglesia de San Estanislao, en el barrio de Queens, atraídos por la teoría de la santidad de Helen Stephenson, una mujer que vivió allí hace tiempo.

Ante la presión de los medios, de los fieles y del propio Vaticano, el cardenal encarga la investigación del proceso de beatificación a un apuesto y elocuente sacerdote llamado Frank Moore. Pero la fuerza de los misteriosos acontecimientos a los que se enfrenta y la personalidad de Roxanna, una joven clave en la verdadera historia de la santa, hacen que Moore pierda su mejor arma, es decir, se cuestione su propia fe.

Llevada al cine en producción de Francis Ford Coppola, El tercer milagro relata de forma apasionante la confrontación entre el dogma católico y la organización de la iglesia local, la tensión entre espiritualidad y erotismo, y el cuestionamiento del mayor enigma de todos los tiempos: ¿existen realmente los milagros o los creamos como talismán contra nuestros propios temores?