En los primeros días de la guerra entre los humanos y el Covenant, el UNSC promulga el Protocolo Cole para impedir que la Tierra y sus colonias interiores sean descubiertas por el despiadado enemigo extraterrestre.
Entre aquellos a los que se les solicita que eliminen a la Tierra de sus datos de navegación se encuentra el teniente de la marina Jacob Keyes, a quien la ONI encomienda una misión secreta de alta prioridad.
Mientras, el Covenant sigue cristalizando los planetas ocupados por los humanos. Más allá de las colonias exteriores, en el planeta Hesiod, los supervivientes ayudados por un bastión de Insurrectos han construido un asentamiento conocido como el Rubble. Y aunque se han instalado cerca de una colonia del Covenant, todo parece ir bien.
Esta precaria tregua entre humanos y el Covenant se halla en el camino de una patrulla renegada, el equipo Gris Spartan, cuya misión es hacer estragos en las líneas enemigas.