Los huérfanos que forman parte de La Academia, dirigida por la joven Sofía Hipatia, utilizan una revolucionaria forma de pensar, basada en la filosofía, para encontrar nuevas pistas que permitan dar con el criminal más buscado. Huérfano de madre a los cuatro años, el pequeño Freddy Nietzsche perderá también a su padre, asesinado tras ser secuestrado. Su caso sigue sin resolverse cuando Freddy recibe otro golpe de la vida: su profesor de piano y amigo es decapitado. Por suerte, ya forma parte de la Academia y no está solo para resolver los crímenes a los que se enfrenta.